我們推薦的軟件：

 色譜圖瀏覽器（Windows 和Mac OS 通用）

ApE——可編輯質粒并能與GenBank的文件進行拼接 

Finch TV(Geospiza)

Sequencher(Genecodes)

Staden Pachage——免費的基因組分析軟件包

 色譜圖瀏覽器（只針對Windows系統）

 引物設計軟件

Primer3——在線引物設計軟件

PrimerX——基于DNA或蛋白質序列的突變引物設計

 實用程序

Stuffit Expander——可應用于Mac OS 和Windows系統的文檔解壓縮軟件

Winzip——壓縮/解壓縮工具

Mac Conversion Script——可把.ab1文件轉化成可編輯的文件

 其它工具

Oligo Calculator——計算引物的Tm/GC含量/分子量

PrimerBank——人類和鼠類基因的引物數據庫